Floxマウスとは、ある遺伝子のあるエクソンの両端にそれぞれLoxP配列を組み込むことです。この配列はFlanked by LoxPであり、つまりFloxマウスと呼ばれます。このFloxマウスは、一般的にターゲティングベクターの設計と構築、胚胎幹細胞の組換え、胚盤胞のマイクロインジェクション、キメラのマウス継代により得られます。このマウスは、Creマウスと交尾し、Creの発現により、二つLoxP部位配列の組換えを介することで、二つLoxPの間の配列をノックアウトします。異なるCreマウスのCre発現に組織/細胞特異性があるため、上皮細胞、胸腺細胞、T細胞、B細胞、心筋細胞、腸管、肺等の異なる組織、細胞の特異性により目的遺伝子をノックアウトする目的を実現できます。
コンディショナルノックアウトマウスの設計は、Cre/LoxPまたはFlipe/Frt原理を利用しています。全部部位特異的レコンビナーゼシステムです。ここではCre/LoxPシステムを例とします。例えば、ノックアウトする標的DNA配列の両端にそれぞれ一つのloxP配列を組み込むことにより、flox (flanked by loxP)マウスを取得します。floxマウスを細胞特異的Creを発現するマウスと交尾、繁殖させることにより、特定細胞において目的遺伝子がノックアウトされたマウスを取得し、即ちコンディショナルノックアウトマウスとなります。また、Cre発現を制御するその他誘導システム(例えばCreERT2)と結合すると、ある遺伝子に対し時間と空間で同時に制御することができます。
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